Jednym z najważniejszych zagrożeń dla nietoperzy jest utrata ich naturalnych schronień. Nietoperze chętnie wykorzystują dziuple w starych drzewach, a zimą chronią się w jaskiniach i szczelinach skalnych. Niestety dziuplaste drzewa są wycinane, a dominujące w polskich lasach młode drzewostany oferują bardzo niewiele schronień. Podobnie smutny los spotyka jaskinie, masowo odwiedzane przez turystów i często dewastowane.
Nietoperze regularnie chronią się w obiektach stworzonych ręką człowieka – w budynkach, sztolniach, a nawet mostach. Jednak nieuzasadniona obawa przed sąsiedztwem nietoperzy powoduje usuwanie nietoperzy z budynków, a nawet ich zabijanie.
Osuszanie i meliorowanie terenów podmokłych uszczupla liczbę miejsc, gdzie nietoperze zdobywają pokarm. Dlatego bardzo ważna jest ochrona tego typu środowisk wraz z otaczającymi je zbiorowiskami leśnymi.
Od stuleci w kulturze europejskiej nietoperze utożsamiane są z ciemnymi mocami. Lęk przed nietoperzami wyzwala agresją wobec tych niezmiernie pożytecznych i fascynujących zwierząt. Ssaki te są bezmyślnie zabijane, pomimo tego, że wszystkie gatunki objęto ścisłą ochroną w naszym kraju.
Odpady po ścince drewna spalone na otworze jednej z beskidzkich jaskiń (Fot. R. Mysłajek)
